2020年在民進黨主導下，以「改制」之名沒收農田水利會的資產，為此在野黨立委提出釋憲，然而日前憲法法庭卻宣告，農田水利會改制合憲，對此新黨發布聲明，強調憲法法庭的判決完全不合理，新黨全力聲援農田水利會捍衛自己的資產。
新黨指出，在歷史上，台灣的農田水利組織原本是民辦的，由私人經營，光復後初期農田水利組織也被定性為「人民團體」，會長由農民自行選舉，後來雖改為具「公法人」地位的「水利自治團體」，但1990年代立法院討論農田水利會是否應進一步改制為公務機關之際，執政黨立法院黨政協調工作會，舉行農田水利會改制為公務機關得失檢討會，做出的結論卻是農田水利會仍應維持自治的人民團體體制，如將農田水利會改制為公務機關，則不尊重歷史法源及水利會的自治體制，影響全國一百萬會員及三千多農田水利會會員工的權益甚鉅。
不僅如此，內政部87年8月11日台（87）內地字第8707646號解釋函令即明確表示：「農田水利會所有土地，非屬土地法第四條所稱公有土地類別之一。」
新黨強調，由此可見，農田水利會資產與一般國有資產不同，甚且農田水利會本身更具有民間組織之性質，民進黨政府卻一聲令下直接沒收，會長更改為官派，完全是侵奪民間資產、開民主倒車的惡行，大法官卻未能秉持公正獨立立場予以駁回，新黨對此感到高度遺憾，也會全力支持農田水利會繼續捍衛自身應有的權益。